En 1979 asumió Uli Hoeneß el cargo de entrenador a la edad de 27 años y relevó así al consejero de Beckenbauer, camisetas futbol Robert Schwan. En 1977 Franz Beckenbauer se fue a América a jugar con el New York Cosmos y en 1979 Sepp Maier y Uli Hoeneß se retiraron, en tanto que Gerd Müller fue fichado por el Fort Lauderdale Strikers de Estados Unidos. En Glasgow, Franz Roth le haría honor a su apodo, «Mr. El éxito regresó cuando Franz Beckenbauer asumió el control en la segunda mitad de la temporada de 1993-94, ganando la Bundesliga nuevamente después de una brecha de cuatro años. El equipo firmó temporadas discretas con Keith Blunt y Tord Grip como entrenadores en la década de 1980, hasta que Roy Hodgson se hizo cargo en 1985. El técnico británico llevó al equipo a dos campeonatos de Suecia en 1986 y 1988, y el club ganó la Allsvenskan cinco años consecutivos entre 1985 y 1989. A la vez, el campeonato se decidió por play-offs entre los mejores equipos después del final de la temporada regular -esta disposición estuvo desde 1982 hasta 1992-. El club llegó a la final de los play-off cuatro veces entre 1986 y 1989, pero sólo logró ganar la final en dos ocasiones.
Otra cara mostraba el Bayern en la Copa de Campeones de Europa 1975-76. En los dieciseisavos de final vencerían con marcador global 1:8 al Jeunesse Esch. Copa de Europa», y anotaría al 57′ el único gol del partido ante el Saint-Étienne para ganar por tercera vez la Copa de Campeones de Europa. Después del 1:1 en la ida, Gerd Müller sentenciaría al Madrid con un doblete para ganar 2:0, por lo que el club jugaría su tercera final de manera consecutiva. El Bayer Leverkusen eliminó al Bayern en los octavos de final de la Copa de Alemania, mientras que en la Liga de Campeones de la UEFA 2008-09 el Bayern llegó a los cuartos de final, siendo eliminados por el a la postre campeón, el Barcelona, después de ganar en el Grupo F y derrotar a Sporting de Lisboa en la primera ronda de la eliminatoria, logrando un resultado global récord en la Liga de Campeones de 12:1. El 27 de abril, dos días después de una derrota en casa contra el Schalke 04 que hizo caer al Bayern al tercer puesto en la tabla, camisetas de fútbol baratas Jürgen Klinsmann fue despedido.
Esto fue precedido por varios resultados decepcionantes -como una derrota por un global de 5:1 contra el «Barça» en la Liga de Campeones, y otra derrota de 5:1 contra el campeón nacional Wolfsburgo-. Van Gaal logró reconducir la situación y llevar al Bayern a los octavos de final de la Liga de Campeones, donde tuvieron a la Fiorentina como su adversario. En la primera temporada de Hitzfeld, el Bayern conquistó la Bundesliga y estuvo cerca de conquistar la Liga de Campeones, pero perdieron 1:2 contra el Manchester United en el tiempo extra después de estar ganando en la mayor parte del partido. Bayern terminó cuarto en la temporada de 2006-07, así que no pudo clasificarse para la Liga de Campeones por primera vez en más de una década. Tras un flojo campeonato de liga y una nueva derrota contra el Alemannia Aquisgrán, el entrenador Magath fue despedido poco después de la pausa de invierno. Una temporada más tarde el Bayern conquistó su cuarto doblete, dirigiendo la liga por un margen estrecho.
Previo al inicio de la pretemporada de Inter Miami se reveló el que sería el nuevo jersey que los Herons utilizarán como locales en la temporada 2024 de MLS. Jupp Heynckes fue contratado como entrenador en 1987, pero después de ganar dos campeonatos consecutivos en 1988-89 y 1989-90, el Bayern se hundió. El anterior entrenador Jupp Heynckes volvió a ser nombrado de forma interina hasta el fin de la temporada. Beckenbauer regresó brevemente al final de la temporada de 1995-96 como entrenador adjunto y condujo al equipo hacia la victoria en la Copa de la UEFA 1995-96, venciendo al Girondins de Burdeos en la final. Estos últimos caerían en la final 2:0 con tantos de Roth y Müller al 71′ y 81′ respectivamente. El trofeo final que ganó el Bayern, fue la Copa Intercontinental, en la cual derrotó al Cruzeiro de Brasil, mientras que perdió nuevamente la Supercopa de Europa, esta vez ante el Anderlecht. También perderían ambos juegos ante el Dinamo de Kiev en la Supercopa de Europa. La Supercopa de Europa la disputarían ante el Magdeburgo, quien venía de vencer en la final de la Recopa de Europa al Milan, pero el Bayern y el Magdeburgo no pudieron ponerse de acuerdo en la fecha del partido, y terminó por no jugarse.
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