El 16 de junio de 2012 jugó la semifinal de la temporada 2011-12 frente a Defensor Sporting, consagrándose bicampéon del Fútbol Uruguayo tras ganar 1:0. Obtuvo así su 44° Campeonato Uruguayo, triunfando en los dos clásicos de la temporada con la decisiva participación de Álvaro Recoba, camiseta fútbol quien convirtió un gol de penal en la hora en el clásico del Apertura para la victoria 2:1 y otro de tiro libre para el 3:2 del Clausura. Fue necesario un solo partido, ya que Nacional derrotó a Defensor y se coronó campeón. Comisión Directiva nombró para la temporada siguiente a Gustavo Díaz, extécnico de Defensor Sporting en la reciente semifinal disputada por la temporada anterior. La temporada 2005/06 es amarga por cuanto tras la marcha de algunas piezas clave supone la despedida de Segunda B al ser decimoséptimo con solo nueve victorias. En 1995, cuando Umbro era el proveedor de la indumentaria, se implementaron tres uniformes distintos, pasando la casaca roja a ser el tercer uniforme, siendo la alternativa oficial una novedosa casaca azul de fondo con una banda casi vertical roja. En 2002, se restablece la roja como alternativa oficial, y desde entonces, temporada tras temporada, a pesar de los novedosos diseños, Nacional posee dos alternativas, siendo oficial la roja, y la tercera opción la azul.
Al no conseguir ningún título en 2013, Nacional cerró un singular ciclo de logros deportivos, ya que en los dieciocho años comprendidos entre 1995 y 2012 fue campeón de por lo menos un torneo oficial. De cara al Torneo Transición 2013, el elenco de Eduardo Berizzo suma a varios refuerzos, como Osmán Huerta, Mariano Uglessich, Braulio Leal, Gonzalo Barriga y Pablo Calandria entre otros y es en este torneo, donde disputa el último partido oficial en el Estadio El Teniente, luego de que fuera adjudicado para remodelaciones de cara a la Copa América 2015, rotando la localía entre Estadio Santa Laura, Estadio Bicentenario La Granja y Estadio Monumental David Arellano. En el mes de septiembre de 2013, con motivo de la conmemoración de los 110 años de esta victoria, el club lanzó una edición limitada de la camiseta celeste, que a diferencia de las anteriores, refleja fielmente el diseño de la utilizada en 1903, adicionando una franja en diagonal de color blanco.
Tras finalizar tercero en el Torneo Apertura 2013, Arruabarrena renunció a su cargo, siendo suplantado por Gerardo Pelusso. Con el nuevo técnico designado el rumbo del campeonato mejoró considerablemente, camiseta de futbol 2024 finalizando el Torneo Apertura en 3.ª posición; el ganador de este torneo fue Peñarol. Nacional obtuvo su cuadragésimo sexto Campeonato Uruguayo dirigido por Martín Lasarte. Desde 2011 se ha establecido como uniforme titular cuando Nacional oficia de local durante el mes de septiembre. El tono azul durará algunos años más, incluso, en el año 2000 se presenta un curioso uniforme con tonos celestes y azules, que imitaban el formato de la lata de Pepsi, por entonces patrocinador principal del club. Asumió para el Campeonato Uruguayo de Primera División 2011-12 como exfutbolista, retirado el campeonato anterior, Marcelo Gallardo, quien en su primer semestre obtuvo el Torneo Apertura, con la participación de Álvaro Recoba como principal figura del equipo. En 1967, se crea el Campeonato Nacional de Primera División, con la intención de integrar a los clubes del interior en la máxima categoría. Nacional, en su condición de ganador de la Tabla Anual y del Torneo Clausura por la definición del Campeonato, enfrenta al ganador del Torneo Apertura, Peñarol; con gol de Matías Zunino vencería por 1 a 0, logrando obtener de esta forma su título 47 como Campeón Uruguayo; este campeonato sería muy recordado por los hinchas por el hecho de haber ganado 3 finales clásicas en un año, 2 de las mismas en 4 días.
A continuación disputaría el Torneo Clausura, Nacional termina igualado en puntos con Peñarol, debido a esto, se enfrentarían en una única final, en la que los tricolores se impusieron por 2 a 0, consagrándose de esta manera campeón del torneo. El equipo norcoreano solo consiguió una victoria de visita frente Baréin en el último partido de las clasificatorias quedando eliminado con tan solo tres puntos. Esto le dio el derecho al equipo dirigido por JR a definir el Campeonato Uruguayo frente a Defensor, campeón del Torneo Apertura. Newell’s Old Boys era así campeón nacional de AFA por segunda vez en su historia, faltando dos fechas para la culminación del torneo. En sus inicios el torneo se disputaba a mitad de la temporada. El equipo finalizó la temporada 2012-13 en la tercera ubicación de la Tabla Anual y logró la clasificación a la Primera Fase de la Copa Libertadores 2014, en la que fue su cuadragésima primera aparición en la Copa.
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