Esa temporada el Athletic se proclamó subcampeón de Liga y se clasificó para jugar, por primera vez, en la nueva Liga de Campeones de la UEFA, camisetas futbol baratas 2024 competición que fue estrenada en la campaña 1992-93 en sustitución de la antigua Copa de Europa (en la que ya había participado en tres ocasiones). El presidente Lertxundi decidió dar carpetazo de una vez al ir y venir de entrenadores fichando a un técnico contrastado, de esa forma el alemán Jupp Heynckes se hizo con los mandos del equipo en 1992-93. Esa temporada irrumpió con fuerza el guardameta Juanjo Valencia, proveniente de la cantera, que vino a reforzar una de las posiciones más flojas del equipo. El 1 de septiembre de 2008, Abu Dhabi United Group Investment and Development Limited, con sede en Abu Dhabi, completó una adquisición de Manchester City. ↑ «Bournemouth 1-2 Manchester City: ¡ ↑ «Navas y Ramos: 20 años no son nada». Terminados los años noventa, el Athletic entró en una década de pocos éxitos marcada por una crisis institucional y deportiva en la que estuvo a punto de descender.
Aun así, la entidad bilbaína intentó hacerle cambiar de opinión y le presentó una oferta de renovación, pero el alemán la rechazó. Así, el Athletic dio un salto de calidad y logró clasificarse para la Copa de la UEFA tras alcanzar la sexta posición en Liga. Tras esto, el equipo se hundió y en los tres años posteriores no logró superar la decimosegunda posición en el torneo liguero. La temporada siguiente también abandonaron el equipo otros tres jugadores que participaron activamente en las consecuciones de los títulos: Goikoetxea se marchó al Atlético de Madrid, Urkiaga al R. C. D. Espanyol y De la Fuente al Sevilla F. C., y les siguieron un año más tarde Liceranzu (Elche C. F.) y De Andrés (retirado). A pesar de la marcha de Aitor Karanka y de Bixente Lizarazu, reforzó el equipo con Javi González, Mari Lacruz, Mikel Lasa, Txomin Nagore y el regreso de Rafa Alkorta y Patxi Ferreira. También cabe destacar a otros jugadores de la época como Ernesto Valverde, Aitor Larrazabal, Cuco Ziganda y Aitor Karanka. Finalmente, el Athletic concluyó la Liga noveno y el entrenador Ernesto Valverde rechazó la oferta de renovación por discrepancias con la nueva junta directiva. Para 1988 el equipo campeón de los ochenta había dejado de existir y el Athletic entró en una época de declive e incertidumbre.
A nivel económico, ocupa el undécimo puesto en la lista de ingresos de los clubes europeos, con una cantidad de 416,2 millones de euros por temporada. Por contra, el Athletic traspasó al defensa Rafa Alkorta al Real Madrid a cambio de 350 millones de pesetas, para paliar así el déficit económico del club. Como fichaje estrella, el club se gastó 2000 millones de pesetas (12 millones de euros) en la contratación del defensa Roberto Ríos, procedente del Real Betis, quien se convirtió en el fichaje más caro de la historia del Athletic hasta ese momento. En 1989 el Athletic acometió el que supuso el fichaje más caro de su historia hasta ese momento, al pagar 300 millones de pesetas a la Real Sociedad por el prometedor delantero Loren, quien nunca llegó a cumplir las expectativas y su paso por Bilbao fue controvertido. Esta temporada también supuso la consolidación en el primer equipo de Andoni Iraola, lateral derecho que sustituyó al cuestionado Iñigo Larrainzar. Durante ese tiempo Heynckes renovó el equipo dando más protagonismo a los canteranos, entre los que se encontraban Aranzubía, Del Horno, Luis Prieto, Murillo, Aitor Ocio, Gurpegui y Yeste.
A mediados de 1990 los socios eligieron a José Julián Lertxundi como nuevo presidente del club y con él regresó al banquillo Javier Clemente, que casi a final de temporada fue cesado por los malos resultados y tras llamar «panda de mingafrías» a sus jugadores. La temporada 1999-2000 supuso el principio del fin para el equipo del centenario, terminó la Liga en decimoprimera posición y empezaron a surgir rumores de que existían problemas en el vestuario; de hecho, a partir de esa temporada la estrella del equipo, Julen Guerrero, se vio relegado al banquillo para sorpresa de muchos. En esa época comenzó a sobresalir una joven promesa de la cantera, Julen Guerrero, que se convirtió en un ícono del club y en un ídolo para la afición. Por un lado, logró una goleada histórica en la Copa de la UEFA 2004-05 al ganar por 1-7 al Standard Lieja, aunque después cayó eliminado en dieciseisavos ante el Austria de Viena. En los dos años que el técnico alemán dirigió al equipo este mejoró considerablemente, ya que estuvo luchando por clasificarse para la Copa de la UEFA hasta el último momento y alcanzó las semifinales de la Copa del Rey tras quince años sin lograrlo, donde fue eliminado por el Real Madrid.