El segundo partido se jugó en El Campín de Bogotá, con una victoria para los ‘verdolagas’ por 2-0 con anotaciones del canterano del Atlético Nacional Jefferson Duque y Luis Fernando Mosquera, proclamándose campeón y obteniendo su 12.ª estrella en el Fútbol Profesional Colombiano; El goleador del torneo sería Wilder Medina con 12 goles. En la Final enfrentó al Junior, que ganó en el partido de ida como local por 1-0 con la única anotación de Edison Toloza, pero en la vuelta en Medellín, el elenco «paisa» vencería en los 90 minutos gracias a un gol agónico al último minuto de Jhon Valoy obligando a la definición del título desde la Tanda de penaltis, donde el portero argentino Franco Armani fue la gran figura atajando 2 lanzamientos. El primer partido se jugó en Barranquilla y el cuadro paisa perdió 2-1 contra Junior con goles de Roberto Ovelar y Édison Toloza para el local y por el visitante descontó Yimmi Chará. El cuadro paisa obtuvo con este título su estrella número 15 con lo cual se consagró como el club más laureado del rentado nacional. En el Finalización el cuadro verdolaga logró conseguir su segundo bicampeonato (después del conseguido en 2007) y su título número 13 (alcanzando en el número de títulos al América de Cali) de la mano del técnico risaraldense Juan Carlos Osorio, imponiendo un estilo de juego único de posesión de balón y fútbol a un solo toque.
El domingo 21 de diciembre el cuadro cardenal recibió al Independiente Medellín, el marcador se abrió por medio de Luis Carlos Arias, camisetas de futbol replicas iniciando el segundo tiempo y el empate llegó al minuto 88 aunque no le alcanzó Independiente Medellín. Atlético Nacional jugó la final contra el Deportivo Cali que a la postre dejó un global de 2-0 (0-0 en la ida en el Pascual Guerrero de Cali y 2-0 en tierra antioqueña) con goles del paraguayo Néstor Camacho (en propia puerta) y del delantero Jefferson Duque; Dayro Moreno y Luis Carlos Ruiz fueron los goleadores del torneo con 16 anotaciones cada uno. En ese año la Junta Directiva del equipo tomó la decisión de mudarse definitivamente a su estadio, dejando atrás el Estadio Olímpico Pascual Guerrero. Permitirá que el juego continúe si el equipo contra el cual se ha cometido una infracción mantiene la posesión del balón y consigue mayor ventaja con respecto al contrario, y sancionará la infracción cometida inicialmente si la ventaja prevista no se cumple en ese momento. En dicho período, tuvo que pasar por constantes fracasos; en los torneos cortos solo ganó el Clausura 2008, en tanto que su tradicional rival ganó ya 3 Campeonatos Uruguayos, en 2005, 2005-06 y 2008-09, el Clausura 2006 y el Apertura 2008. En algunas ocasiones tuvo que sufrir algunas goleadas, cuando visitó a Liverpool en Belvedere por el Clausura 2004 (0-4), en el mismo campeonato frente a Danubio (1-5), las que también Danubio le propinó en el Apertura 2005 (2-7), y en el Apertura 2006 (1-4), River Plate en el Apertura 2007 (3-6) o en el clásico ante Nacional en el Apertura de esta misma temporada (3-0). Además del citado partido ante Nacional, Peñarol tuvo una racha muy adversa en clásicos, disputándose desde el 2003 hasta el 2010 un total de 27 clásicos, (oficiales y amistosos) con 6 victorias para el carbonero, 13 victorias para el albo y 8 empates.
En el Torneo Apertura 2016 volvió a ser Campeón Independiente Medellín después de siete años la última vez había sido en el Torneo Finalización 2009 frente al equipo Atlético Huila. En el Torneo Apertura de 2019, Millonarios, pese a clasificar primero en el todos contra todos con bastante ventaja sobre los demás equipos, es superado por el Deportivo Pasto en cuadrangulares, el cual clasifica a la final ante Junior de Barranquilla. El 3 de noviembre de 1955 en París, conquista ante Ray Famechon, el título de campeón de Europa del peso pluma, venciendo por RTD en el sexto asalto, versión EBU. Al final de 2016, Santa Fe sería el mejor en la reclasificación del año. Tan solo un año después llegó uno de los hechos más tristes del club: el fallecimiento de Santiago Bernabéu el 2 de junio de 1978. El madridismo lloró por el que fuera el mejor y más carismático presidente que había tenido el club a lo largo de su historia, y uno de los que más favoreció su evolución. En el Apertura Independiente Santa Fe venció al Deportivo Pasto, equipo que en esa temporada era recién ascendido, en la ida en el Estadio Departamental Libertad de Pasto, Los «volcánicos» (Apodo por el que los llaman popularmente) darían el primer golpe con anotación de Kévin Rendón, casi terminándose el primer tiempo cuando Julián Quiñones anotó para los cardenales.
El Torneo Apertura de 2020, que por motivos de patrocinio comenzó a llamarse Liga BetPlay, tuvo que ser suspendido el 13 de marzo cuando hasta ahora se habían jugado ocho fechas. Sin embargo, para la temporada 2014 los ascensos y descensos se mantuvieron de igual forma (un ascenso y un partido de promoción) y los dos equipos por ascender se definirán entre los clubes clase A, que se encuentran en la Primera B mediante un Cuadrangular de Ascenso a jugarse en Bogotá. Asimismo, se cambiará el sistema de ascenso y descenso a partir de 2015, se cambió de un descenso y un partido de promoción a dos descensos directos. En la Temporada 2013 se realizaron los torneos con el sistema de juego tradicional de cuadrangulares semifinales. En 2012 después de la Copa Mundial Sub-20 realizada en Colombia, se volvió al antiguo sistema de Cuadrangulares semifinales implementado en el 2002. Como hechos destacados en 2012, se coronaron campeones los dos equipos tradicionales de Bogotá, Independiente Santa Fe y Millonarios rompiendo su racha de 37 y 24 años sin conquistar el título, respectivamente. Tras cinco días, el 9 de junio, se dio el debut de Ronaldinho en el Atlético Mineiro, frente a Palmeiras, por la cuarta fecha del Campeonato Brasileño de 2012, encuentro que finalizó 0-1 a favor del equipo de Dinho.
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