El 28 de marzo de 2009, el Málaga Club de Fútbol disputó un partido benéfico en La Rosaleda ante cinco mil espectadores recaudando veinticuatro mil euros en beneficio de los daños causados por el Tornado de Málaga; el rival del Málaga CF fue un equipo formado por antiguos jugadores del club, en activo o retirados, llamado Leyendas Malaguistas y dirigido por el mítico entrenador Joaquín Peiró. Después de dos temporadas en la división de plata, el 15 de junio de 2008, en la última jornada, el equipo logró el ascenso a Primera tras ganar por dos goles a uno al Club Deportivo Tenerife, ambos tantos malaguistas anotados por el centrocampista Antonio Hidalgo. La vez que más cerca anduvo fue en 1954, cuando quedó subcampeón de su grupo de Segunda y participó sin éxito en una liguilla de play-off de ascenso a Primera división. En marzo de 2023, se jugaría las últimas dos fechas de la Liga de Naciones donde los antillanos se jugaban el ascenso a la Liga A, la oportunidad de luchar por un puesto en la próxima Copa América que se decidirá en la próxima edición del torneo y la tan ansiada clasificación a la próxima Copa Oro a disputarse en Estados Unidos y Canadá.
El 18 de septiembre de 2012 el Málaga disputó su primer partido en la Liga de Campeones, venciendo por tres goles a cero al que era en ese momento campeón de la Liga Premier de Rusia, el Zenit de San Petersburgo. El 6 de noviembre de 2012, el equipo se clasifica para los octavos de final de la Liga de Campeones de la UEFA tras empatar a uno en San Siro contra el AC Milan. AC Milan, FC Zenit de San Petersburgo y RSC Anderlecht. Cuatro meses después, el 13 de marzo de 2013, el equipo lograría clasificarse para cuartos de final tras ganar por dos goles a cero al FC Oporto en La Rosaleda, remontando el gol en contra de la ida. El equipo malagueño lograría una memorable victoria; a los cuarenta y dos minutos Isco, con un imparable disparo desde fuera del área, marcaría el 1-0 y en el minuto setenta y seis llegaría el gol del paraguayo Roque Santa Cruz que significó el pase de ronda, provocando el estallido de júbilo en la grada.
Los jugadores con dorsales superiores al 25 son, a todos los efectos, jugadores del Elche Ilicitano Club de Fútbol y como tales, podrán compaginar partidos con el primer y segundo equipo. La temporada fue convulsa, incluyendo destituciones de entrenadores y rebelión de futbolistas contra el club. Esa temporada el equipo realizaría una excelente campaña, certificando el 13 de mayo de 2012 su clasificación a la fase previa de la Liga de Campeones de la UEFA tras terminar 4° en la Liga 2011/2012; hasta ahora la mejor clasificación del club en Primera. El primer equipo que ganó la Liga (1990) fue el Interviú Fútbol Sala, conocido entonces como Interviú Lloyd’s, que venció al Keralite Macer FS de Almazora. Dicha clasificación convirtió al Málaga en el séptimo equipo español, tras Real Madrid, FC Barcelona, Valencia CF, Deportivo de la Coruña, Villarreal CF y Atlético de Madrid, en alcanzar la fase de cuartos de final de Liga de Campeones de la UEFA. En la temporada 2012/13, el Málaga realiza el mejor arranque de su historia en liga con tres victorias y un empate. Con el técnico cordobés, el Málaga consiguió 36 puntos en 20 partidos, incluyendo un 1-6 ante el Osasuna, la mayor goleada de la historia del club.
Isco Alarcón y la incorporación más cara de la historia del club, Santi Cazorla, contratado por veinte millones de euros y procedente del Villarreal CF. El Málaga formó esa velada de inicio con: Caballero, Gámez, Demichelis, Weligton, Antunes, Iturra, Toulalan, Joaquín, Baptista, camisetas futbol 2024 Isco y Saviola. En diciembre de ese año, el Málaga CF fue sancionado por el Comité de Control Financiero de Clubes, dependiente de la UEFA, con una multa de trescientos mil euros y excluido de la próxima competición continental para la que se clasifique dentro de los siguientes cuatro años. La directiva del club aprovechando el buen momento de la cantera malaguista y al mismo tiempo pretendiendo disminuir la masa salarial, prescinde de varios titulares de los últimos años como Contreras, Roteta, Musampa, Sandro, Dely Valdés y Darío Silva entre otros, siendo sustituidos por jugadores de la cantera como Calatayud, Juanito, Juan Rodríguez, Koke y Geijo que llevaron a cabo el necesario relevo generacional. Asimismo, la entidad lleva a cabo un acuerdo de colaboración con la UNESCO, por el cual, además, el organismo será el espónsor principal de la camiseta del equipo. Finalmente, el equipo cayó eliminado frente al Boavista portugués, en la tanda de penaltis.
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