El paquete accionarial que poseía el único accionista y administrador de la SAD, Francisco Gómez Hernández, es transferido por compraventa sin contraprestación, por el mínimo legal, dada la situación de la sociedad y la deuda que acumulaba la misma, de unos tres millones de euros con Hacienda y, en menor medida, cercana al medio millón de euros, con otros acreedores. Ante Colombia el arquero fue Brayan Cortés, quien demostró más actitud y carácter sin embargo no fue determinante ya que Chile apenas empató 2-2, nuevamente perdiendo los puntos en los últimos minutos. El equipo hace una buena temporada ya que se mantiene durante 33 jornadas dentro de los puestos que dan opción a jugar la Fase de Ascenso a Segunda «A», pero al final, a falta de dos jornadas para la conclusión del campeonato, el equipo se descuelga y queda clasificado finalmente en la 5.ª posición de la tabla, a tan sólo 2 puntos del 4.º Clasificado, el Lorca. Finalmente, se quedó fuera; aun así, se cosechó la elevada cifra de 60 puntos (4 menos que el año anterior). La edición 07/08 resulta frustrante pues durante el torneo el equipo ocupa puestos rezagados que hacen temer a su afición por un posible descenso.
Esta primera temporada del club en Segunda División B fue de adaptación pues el club quedó clasificado en 15.ª posición pagando su inexperiencia en la categoría. Se apuesta por Paco Medina como entrenador, haciendo una temporada con muchos altos y bajos y quedando el club clasificado al final de la liga en 8.ª posición. Se hace una magnífica temporada quedando el club campeón de la Tercera División y jugando, por tanto, su primera liga de ascenso a 2.ª División B. Los rivales de esta liguilla de ascenso fueron: Betis «B», Cuenca y Plasencia, perdiendo en la primera jornada por un contundente 6-1 en el campo del filial bético, siendo un duro golpe del equipo no se supo reponer, terminando la liguilla en segunda posición. En esta temporada, el club pierde a uno de sus jugadores más emblemáticos, Antonio Caro Peña, que cayó lesionado algunas jornadas antes de finalizar la liga y decide retirarse del fútbol como profesional y quedándose dentro de la entidad como gerente durante unos años.
Tras doce años al frente del club, Antonio Pérez Ramos deja paso el 17 de junio de 2009 al empresario inmobiliario Rafael González-Cobos Bautista como presidente de la entidad costasoleña. Muchos de ellos ejecutaron acciones para que la entidad fuera creciendo con el paso de los años. La Unión Deportiva Marbella no perdió ningún partido y consigue el tan ansiado ascenso a la categoría de bronce del Fútbol Español en el campo » Francisco Bono» del Alcalá de Guadaíra con el resultado de 0-1 gol de Cipri y que desató la locura de todos los aficionados allí presentes, camiseta futbol así como de toda la afición blanquilla. Tras acertar en los fichajes de invierno, el Marbella consigue salvarse matemáticamente en la última jornada quedando en 15.ª posición. El técnico Antolín Gonzalo es sustituido por el exjugador Oliveiro Jesús Álvarez González “Oli” después de la tercera jornada. Su sustituto fue Antolín Gonzalo. En la temporada siguiente llega como entrenador José Luis Burgueña Arroyo. El año de debut en Segunda División B está marcado por la continuación de José Luis Burgueña. En la temporada 01-02 continúa en el banquillo costasoleño Burgueña. Se realiza una buena temporada quedando el club clasificado en 2.ª posición y jugando su 2.ª Liguilla de Ascenso a 2.ª División «B».
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